Am Nebelhorn finden sich zwischen der Station Seealpe und der Bergstation ausgedehnte Bereiche mit der typischen Latschenkiefer. Zwischen Bergstation und Gipfelstation überqueren wir die Waldgrenze. Am Nebelhorngipfel finden wir nur noch vereinzelt hochspezialisierte Pflanzen und alpine Rasen. In den Wäldern am Fellhorn haben 1990 die orkanartigen Stürme "Vivian" und "Wiebke" große Lücken gerissen. Diese Schäden und die warmen Sommer begünstigten dann den Befall durch den Borkenkäfer. Mit grossem Aufwand wurde in den 5 Teillagen das Holz geborgen und junge Bäume nachgepflanzt.
Durch die sogenannte Wetterstaulage am Nordrand der Alpen wird der Wald zusätzlich von Schadstoffen aus den Niederschlägen belastet. Oberhalb der Waldgrenze schlossen früher Latschenfelder mit Alpenrosen ab. Diese ursprünglich ausgedehnten Latschen- und Alpenrosengebüsche wurden bereits vor mehreren hundert Jahren zugunsten von Weideflächen beseitigt. Erst heute können sich die geschützten Alpenrosen wieder ausbreiten. Die weit über das Allgäu hinaus bekannten blütenreichen Alpwiesen verdanken wir der jahrhundertealten landwirtschaftlichen Nutzung. Viele dieser Pflanzen sind im Alpenraum sehr selten geworden und daher geschützt.